Pratiquement toute la population de l’île habite le village de San Miguel situé sur la côte occidentale. Le reste de l'île est dissimulé sous une épaisse végétation florissante extrêmement riche en animaux tropicaux.

L’histoire de l’île est également très riche. Certains historiens pensent que les Mayas se sont établis à Cozumel dès le début du premier millénaire après Jésus-Christ. De nombreux objets fabriqués par le peuple Olmèque datant de la période préclassique, ont été retrouvé sur l’île.

Pour les Mayas, Cozumel était l'île sacrée de « Ix Chel », la déesse de la lune. Cela lui conférait un caractère spécial puisque les femmes qui désiraient un enfant, faisaient un pèlerinage sur l’île, et priaient dans les temples de Cozumel. Des ruines datant principalement de la période post-classique ont subsisté.

L’île a failli redevenir vierge. En effet, après une épidémie de variole qui ravagea l’île en 1570, la population faillit s’éteindre. Seulement une trentaine d’habitants y ont seulement survécu. Cozumel fut alors en proie aux pirates qui s'en servaient de temps à autre comme repaire. La guerre des castes de 1848 amena de nombreuses personnes qui cherchaient un refuge face à la violence qui sévissait sur le continent.

Aujourd'hui, Cozumel est une escale pour de nombreuses croisières dans les Caraïbes, mais c'est la plongée sous-marine qui attire encore le plus de touristes.